È primo ricercatore del Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR) e coordinatore del laboratorio High Performance Computing (HPC Lab, http://hpc.isti.cnr.it) dell"Istituto di Scienza e Tecnologia dell'Informazione A. Faedo" (ISTI), il più grande istituto di ricerca del CNR del settore ICT. Il laboratorio opera nell'Area della Ricerca del CNR di Pisa, ed è strettamente collegato con l'Università di Pisa e l'iniziativa SoBigData Lab. Gli interessi di ricerca di Raffaele Perego includono Web Mining, Web Search e la progettazione di soluzioni per la gestione, l'analisi, e la ricerca efficiente di grandi quantità di dati. Ha pubblicato più di 130 pubblicazioni su questi argomenti su riviste, libri e atti di conferenze internazionali. E' tra i destinatari del premio Yahoo Faculty Research Program 2014 (FREP) , e general co-chair della 39° edizione della ACM SIGIR Conference on Research & Development on Information Retrieval (http://sigir.org/sigir2016/).
